Uno de los centros de Secundaria más antiguos de Cantabria, inaugurado en 1972, y pionero de los institutos mixtos, el IES Villajunco, imparte las enseñanzas de ESO y Bachiller de Ciencias y Letras. En la actualidad prepara proyectos de intercambio con varios países y acaba de incorporarse al Proyecto InterAulas.
El instituto Villajunco es uno de los más antiguos de Santander (se inauguró en 1972) y el primero que acogió chicos y chicas en sus aulas (hasta entonces, los chicos asistían al José María Pereda y las chicas al Santa Clara).
El instituto está situado en la calle Junco, muy cerca del Alto de Miranda, tras la Telefónica, en una zona que supone la divisoria entre dos modos de vida, lo que no ha generado nunca problemas, integrando entre el alumnado a chicos y chicas cuya situación socioeconómica es muy distinta.
Como todos los centros educativos, el IES Villajunco ha notado también la evolución de la natalidad y la creación de nuevos centros en su área de influencia tradicional, contando en la actualidad con 520 alumnos, cuando llegó a tener 1.020.
En el centro se imparten las enseñanzas de ESO y Bachiller de Ciencias y Letras, estando dotado con 28 aulas normales, dos salas de audiovisuales, aulas de Artesanía y Plástica, aula de Informática, Laboratorio de Ciencias y de Física y Química, Gimnasio, Polideportivo, Biblioteca, Salón de Actos y las instalaciones necesarias para los Departamentos Didácticos y la Administración y Servicios.
El centro participa desde su inicio en los Proyectos Atenea y Mercurio, contando desde hace dos cursos con profesorado de apoyo al alumnado con necesidades educativas especiales que atiende también al cada vez más numeroso alumnado inmigrante que presenta problemas idiomáticos.
En la actualidad se están preparando varios proyectos de intercambios con otros países al tiempo que se ha incorporado al Proyecto InterAulas.
Las actividades deportivas complementarias (baloncesto, balonmano, fútbol, voleibol, bádminton, natación, senderismo…) ocupan parte del tiempo libre del alumnado.
Los Departamentos tienen una intensa actividad, participando en numerosas actividades internas y externas al centro.