La presencia de los agustinos en Santander, siempre en el campo de la educación, se remonta al año 1902. El colegio San Agustín tiene sus orígenes en las escuelas de Rúa Mayor y en el Colegio Cántabro, orgullo que fue de sus alumnos y de la ciudad entera de Santander. Este colegio, uno de los mejores de Europa, funcionó en nuestra ciudad de 1917 a 1936, y ha estado dirigido por los Padres Agustinos.
Al empezar la guerra civil española, el Colegio Cántabro fue incautado, pero al liberarse la ciudad de Santander en el año 1937, los agustinos decidieron reemprender sus tareas docentes y, de manera provisional para aquel curso del 37-38, adecuaron un pequeño piso en la calle Castelar 41, donde un centenar de niños, en su mayoría del Cántabro, recibían sus clases.
En el curso 38-39 los agustinos ya pudieron iniciar las clases en el Colegio-Preceptoría que habilitaron en la calle Alcázar de Toledo, con el mismo profesorado del Colegio Cántabro y sirviéndose del material de enseñanza que allí había, pero con nuevo nombre: el Colegio empezó a llamarse «San Agustín».
Desde estos primeros momentos se llevan a cabo una serie de diligencias encaminadas a conseguir los primeros e imprescindibles reconocimientos oficiales. Conseguidos éstos, los agustinos comenzaron su labor de forma callada y constante.
Los frutos no se hicieron esperar. El curso 38-39 lo terminaron 200 alumnos, y en el curso 40-41 las solicitudes superaron con creces las posibilidades del espacio; tuvieron que rechazar por ello peticiones, y el curso terminó con 340 alumnos. La ampliación era inevitable. En septiembre del 41 ya se estrenaban las nuevas instalaciones: mejores clases, excelentes patios, salón de actos… Más adelante se fueron ampliando éstas, pero cada vez se hacía más urgente buscar un lugar donde construir un Colegio adecuado a las nuevas necesidades.
El número total de alumnos en el presente curso 2005-06 es de 1187. Los profesores somos 68.Y hoy continuamos aquí, tras momentos de luces y sombras, pero con la tranquilidad del trabajo bien hecho. Seguimos sin escatimar esfuerzos para, como siempre, dar la mejor educación a nuestros alumnos y alumnas, desde el espíritu de San Agustín, nuestro Padre y Fundador: “Señor, enséñame lo que tengo que enseñar. Enséñame lo que aún tengo que aprender. Enséñame el conocimiento de tu voluntad y la sabiduría de ponerla en práctica”. Así llegamos a 1972, año en que se compra un terreno en las proximidades de El Sardinero, y el afamado arquitecto Ricardo Lorenzo diseña el colegio que tenemos hoy.
Comenzó su funcionamiento el curso 1975-76 con un total de 1.100 alumnos y alumnas, detalle este importante, pues la coeducación se impuso desde el primer momento, y en aquel año de 1975 la educación mixta no se veía tan normal como se puede ver hoy. Desde entonces, la cifra del alumnado ha ido creciendo progresivamente. Aquel año supuso el inicio de una nueva etapa, ni mejor ni peor que las anteriores, simplemente distinta.
El colegio ofrece los niveles educativos siguientes:
Educación Infantil, Educación Primaria y Educación Secundaria: en régimen de concierto.
Bachillerato: no concertado.